Francisco Latzina nació en Brüm, Moravia. Sirvió en la marina austríaca y fue durante ese entrenamiento militar que se dedicó a los estudios matemáticos, astronómicos y meteorológicos; en 1864 fue herido en combate y abandonó el servicio activo.
Luego de algunos viajes a América del Sur se afincó en Buenos Aires a comienzos de la década del 70. Fue en esta ciudad donde conoció al presidente Domingo Sarmiento, quien lo contrató para desempeñarse en el Colegio Nacional de Catamarca al frente de la cátedra de Matemáticas, en 1872.
Al año siguiente el gobierno le ofreció el cargo de ayudante astrónomo en el Observatorio Astronómico Nacional en Córdoba; diferencias con el personal del establecimiento lo decidieron a regresar a Catamarca en 1875, pero esta vez al frente de la cátedra de Matemáticas de la Escuela de Minas. En 1876 Adolfo Doering y Jorge Hieronymus, de la Universidad de Córdoba, le propusieron hacerse cargo de la cátedra de Matemáticas de la Facultad de Ciencias Físico-Matemáticas. Desde esa posición, Latzina colaboró en la organización de la Academia Nacional de Ciencias, a la que se incorporó como miembro de su primera Comisión Directiva.
En 1880, es designado jefe de la Oficina de Estadística Nacional, con sede en la Capital Federal. su labor al frente de la institución, que con posterioridad se denominó Dirección General de Estadística, fue extraordinaria. Los anuarios publicados por la entidad mencionada, entre 1880 y 1914, son el testimonio del trabajo realizado por Latzina al frente de la entidad hasta su retiro (en 1914).
Además de su participación en la Academia Nacional de Ciencias, Francisco Latzina fue miembro de la Real Sociedad Inglesa de Estadísticas, de las sociedades de Geografía, de Geografía Comercial y de la Sociedad de Estadística de París y de la Academia Nacional de Historia de Venezuela. También participó con sus obras en distintos certámenes, obteniendo premios en la Exposición Universal de París de 1889 y de Chicago de 1892.
Francisco Latzina falleció en Buenos Aires el 7 de Octubre de 1922.